异硫氰酸荧光素纯品为黄色或橙黄色结晶粉末，易溶于水和酒精溶剂。有两种异构体，其中异构体Ⅰ型在效率、稳定性与蛋白质结合力等方面都更优良。FITC分子量为389.4，最大吸收光波长为490～495nm，最大发射光波长为520～530nm，呈现明亮的黄绿色荧光。FITC在冷暗干燥处可保存多年，是目前应用最广泛的荧光素。其主要优点是人眼对黄绿色较为敏感，通常切片标本中的绿色荧光少于红色。
异硫氰酸荧光素合成方法:
由4-硝基邻苯二甲酸酐（见C8H3NO5，[5466-84-2]）与间苯二酚在195-200℃反应10h，环合为3'-硝基荧光黄和4'-硝基荧光黄的混合物，再用乙酐乙酰化，加饱和氢氧化钠-乙醇溶液水解，得4'-硝基荧光素。然后将4'-硝基荧光素溶解在氨水中，加雷氏镍及水合肼室温反应2h，还原为4'-氨基荧光素。最抬经酰化，消除得到异硫氰酸荧光素。
异硫氰酸荧光素的用途:
该品是生化试剂,也是医学诊断药物,主要用于荧光抗体技术中的荧光染料,能和各种抗体蛋白结合,结合后的抗体不丧失与一定抗原结合的特异性,并在碱性溶液中具有强烈的绿色荧光。用于医学,农学和畜牧等方面,可对由地细菌病毒和寄生虫等所致疾病进行快速诊断。