福建省东北部的福鼎县早在20世纪的60年代初期就发现了一种水稻茎节部腐烂并伴有恶臭的新病害，就其症状判断，其病原极可能是一种细菌。沿海平原稻区、低洼田、受淹田发病尤重，晚稻发病重于早稻。若在苗期发病，有可能萌发再生分蘖，拔节期发病则形成枯穗，一般产量损失为10％～20％。限于当时的技术水平，笼统地称该病为“水稻基腐病”，并常将其与水稻小球菌核病、恶苗病甚至纹枯病相混淆。
20世纪90年代初期，相继有文献报道在我国发现了一种称为“细菌性基腐病”的水稻新病害，该病发展很快，目前已遍布我国江苏、上海、浙江、福建、广东、湖南、湖北、广西、云南和安徽等南方稻区。通过认真的调查分析，可以肯定，福鼎县上世纪60年代初发现的水稻“基腐病”实为“水稻细菌性基腐病”。近年来，不仅福鼎沿海平原稻区发病普遍，随着杂交水稻的推广，施肥水平和密植程度的提高，山区单季稻的发病也日趋严重。除福鼎市外，近年来在福建省三明市的尤溪、大田、建宁等县区相继报道发现此病，造成重大损失。迄今国内有关水稻细菌性基腐病的资料不多，且报道结果差异较大。
华南农业大学的刘琼光和曾宪铭，1999 年通过一系列的细菌学性状和致病性试验，鉴定出广东省水稻细菌性基腐病的病原为菊欧氏杆菌玉米致病变种（Erwinia chrysanthemi pv．Zeae），并对该病原菌的生物学特性进行了进一步的研究。病菌生长的最低温度为12℃，适宜温度范围28℃～36℃， 32℃最适，最高温度41℃，致死温度为53℃、10min。该病菌生长的pH值范围为pH5～11，pH7最适宜。
云南农业大学陈建斌和周惠萍 等2000年从云南省楚雄市采到水稻细菌性基腐病标本，经病害症状观察、细菌分离培养、生理生化和形态学观察，初步鉴定该病的病原亦为菊欧氏杆菌的玉米致病变种（E. chrysanthemi pv .zeae）。
菊欧氏杆菌是一种重要的广寄生性植物病原细菌。根据欧洲和地中海植物保护组织(EPPO) 的资料，菊欧氏杆菌的所有菌株现已遍布全球的温暖地区，为害多种植物。对于该病原的学名，长期以来一直比较混乱，EPPO 在其植物病虫检疫名单中，列出与菊欧氏杆菌同种异名的四个学名：
Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al. f.sp. parthenii Starr，
Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al. f.sp. dianthicola (Hellmers) Bakker，
Pectobacterium parthenii (Starr) Hellmers，
Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al. var. chrysanthemi (Burkholder et al.) Dye
在查阅资料时，尤其是较早期的资料，一旦见到上述学名，就当将其视为菊欧氏杆菌。
1984年Lelliott 和 Dickey根据寄主专化性，将贝捷氏细菌分类手册中的菊欧氏杆菌分为6个致病变种（pathovars 缩写为pv ）即：
E. chrysanthemi pv. chrysanthemi
E. chrysanthemi pv. zeae
E. chrysanthemi pv. dianthicola
E. chrysanthemi pv. dieffenbachiae
E. chrysanthemi pv. paradisiaca,
E. chrysanthemipv. parthenii
1990年Ngwira, N.和Samson, R.建议将菊欧氏杆分为9个生物变种（biovars）。
菊欧氏杆菌的寄主范围极广，现已知其寄主有玉米、水稻、高粱、甘蔗、马铃薯、茄子、辣椒、洋葱、葱、芋、红薯、香蕉、芹菜、白菜、胡萝卜、石竹、菊花、大丽花、菠萝、大戟、喜林芋、高凉菜、小豆蔻等多个科属的几十种植物。从玉米和马铃薯分离出的菌株表现为“多寄生性”（polyphagous），能侵染多种植物；而从喜林芋和高凉菜分离出的菌株则表现为对温度要求的差异。菊欧氏杆菌寄主专化性至今尚未被最终证实。因此华南农业大学的刘琼光和曾宪铭（1999）和云南农业大学的陈建斌和周惠萍等（2000）按照1984年Lelliott 和 Dickey根据菊欧氏杆菌寄主的专化性划分为6个致病变种的标准，将我国水稻细菌性基腐病的病原定为菊欧氏杆菌玉米致病变种的结论尚有待最后证实。
菊欧氏杆菌为害的典型症状是造成植物软腐和萎蔫。水稻细菌性基腐病的症状主要表现在水稻的节部和茎基部，其独特症状是病株根节变为褐色或深褐色腐烂；若在水稻分蘖期发病，常在近土表茎基部叶鞘上产生水浸状椭圆形斑，渐扩展为边缘褐色、中间枯白的不规则形大斑，剥去叶鞘可见根节部变黑褐，有时可见深褐色纵条，根节腐烂，植株心叶青枯变黄,伴有恶臭；若在拔节期发病 叶片自下而上变黄，近水面叶鞘边缘褐色，中间灰色长条形斑，根节变色伴有恶臭；若在穗期发病,病株先失水青枯，后形成枯孕穗、白穗或半白穗，根节变色有短而少的侧生根，伴有恶臭。水稻细菌性基腐病常与小球菌核病、恶苗病、还原性物质中毒等同时发生，病株伴有恶臭可将其与其他真菌性病害区别开来。
目前国内尚缺乏有关水稻细菌性基腐病发病规律的系统科研资料。一般根据田间观察，病菌能在病稻草和田间病残以及田边的野生寄主上越冬，种子带菌也可能成为初侵染来源。病菌从叶片上的水孔、叶鞘和根系伤口侵入，形成系统感染，在水稻的整个生育期可以重复侵染。早稻在移栽后开始出现症状，抽穗期进入发病高峰。晚稻秧田即可发病，孕穗期进入发病高峰。轮作、直播或小苗移栽稻发病轻。偏施或迟施氮素，稻苗嫩柔发病重。地势低洼、受水淹、粘重土壤发病重。晚稻发病重于早稻。
国外文献报道，菊欧氏杆菌可于植物的残体中，在土壤中存活传播，可在牲畜的粪便中存活10周，在两茬作物之间实现连续发病；带菌的植物繁殖材料可实现远距离的跨国传播。高湿和流水有利病害的传播，病害的发展取决于25°C ～30°C左右的高温。
严格注意田间卫生，及时清除田间病残；厩肥必须经过充分发酵腐熟；做好种子消毒处理，培育无病秧苗是防治水稻细菌性基腐病的最关键措施。此外，选用抗病和耐病良种，如四梅2号、广陆矮4号、矮粳23、浙福802、农林百选、盐粳2号、武香粳、汕优6号、双糯4号、中粳574、南粳34、二九丰、汕优63、武育粳2号等；加强管理，勿使病田水向其他田块串灌；勿使稻田受水淹；发病初期及时喷施适当浓度的噻菌铜、链霉素、强氯精、叶枯宁等措施均能有效防治病害减轻损失。