化妆品中的微生物污染是除原料固有成分以外，影响其安全性的另一主要因素。一般可将化妆品在生产过程中的污染称为一级污染；化妆品在使用过程中受到的污染称为二级污染。
一级污染：化妆品中的微生物可源于原料本身，亦可在生产过程中被污染。因此原材料本身的理化性质、含水量、生产环境和设备卫生状况、生产工人的健康状况等均与化妆品产品的卫生质量有关。
化妆品生产过程中使用的原料、容器和制作过程中均可受微生物污染，尤其在冷却灌装过程更易受污染。化妆品各种原料都有被微生物污染的可能，其中尤以天然动植物成分、矿产粉剂、色素、离子交换水等原料易受微生物污染。某些剂型化妆品富含水分和营养成分，如膏霜类化妆品多属“营养型”，其中因加入各种氨基酸，蛋白质或滋补品（胎盘提取液、人参、甘草提取液等）成分而有利于微生物生长繁殖。医学教|育网搜集整理近年来，生物制品中的活性物质在化妆品中的应用日趋广泛，不少功能性化妆品如高保湿、抗衰老、美白、祛斑等均通过添加生物活性物质或天然动植物提取物而达到功效。而这类物质又都是有利于微生物生长的营养物质，因此控制化妆品微生物污染问题是确保化妆品质量和安全的关键之一。
二级污染：是化妆品启封后，使用或存放过程中发生的污染，包括手部接触化妆品后将微生物带入，空气中的微生物落入而被污染。一些美容美发店的化妆品是共用的，更可造成交叉感染。尽管化妆品中的防腐剂可抑制微生物的繁殖，但其作用有限。因此防止化妆品的二级污染对于预防化妆品的不良反应同样有着重要的意义