链霉亲和素分子由4条相同的肽链组成，其氨基酸组成中，甘氨酸和丙氨酸的含量较大，而且结合生物素的活性基团也是肽链中的色氨酸残基；链霉亲和素是一种稍偏酸性（pH6.0）的蛋白质，并且不带任何糖基。在蛋白水解酶作用下，链霉亲和素可在N端10～12和C端19-21间断裂，形成的核心链霉亲和素仍然保持完整的结合生物素的能力，所以可以提高融合率。
链霉亲和素是与亲和素有相似生物学特性的一种蛋白质，是streptomyces avidinii菌的分泌物，其分子量及结合生物素的能力与鸡蛋清中的亲和素相似，等电点6.0，非特异性结合远比亲和素低。