琼脂糖凝胶的配制是分子实验室比较基本的操作，因此正确地操作对整个实验来讲很有必要，大体流程如下：称量、熔胶、倒胶、拔梳。
1.称量 我们通常所说的0.8%、1%的胶都是指的质量体积分数，即所称取的琼脂糖粉的质量（g）比所加的TBE缓冲液的体积（mL）即胶的浓度。缓冲液的体积根据胶板的大小而定。如小胶板0.8%的胶需要琼脂粉0.104g，TBE13mL。
2.熔胶 将所称量的琼脂粉与TBE在锥形瓶中混合，在微波炉内反复加热2~3次至琼脂粉溶解并无气泡。
3.倒胶 干净的胶槽内摆好梳子，往胶内滴加1uL左右核酸染料，混匀，待冷却至不烫手，轻轻倒入胶板内。
4.拔梳.待大约20min后，轻轻拔掉梳子（若不好拔，可以滴加适量的TBE缓冲液）。