细菌工程菌胞内表达主要分为两种形式，一种是在强启动子条件下的高效表达，由于蛋白的过度表达，使蛋白不能及时有效折叠而发生无规则卷曲，以固体颗粒的形式堆积于胞间质中，这就是所说的包涵体，另外一种是间质内的可溶性表达，即可以发生正常折叠，具有生物活性。一般情况下，细菌只要被正常破壁就可以通过离心的形式将包涵体和可溶性表达的蛋白分离开。
超声破碎的条件一般是300w，10s/10s，20分钟，具体条件可根据自身情况而定。
超声前菌体的准备：
菌液离心后，先用PBS将菌沉淀洗2-3遍，然后按原菌液体积的1/5-1/10加入裂解液重悬菌体，裂解液的成分：50mMTris-HCl, pH8.0, 2mM EDTA，100mM NaCl，加溶菌酶至100ug/ml，0.1%Triton X-100。切记冰浴超声！
如何判断是否超声完全：
1，外观判断：超声前菌悬液是浑浊的，超声完全后变的透明、清澈。
2，液体的粘滞性：超声后菌液从枪头滴下不粘连。
3，高速离心：有用高速离心检测超声破碎程度的（一般用6,000 g 10 min, 比一般离心收集菌体的转速高一点）。 沉淀是未破碎或破碎不完全的菌体。
4，染色：破碎后的菌液涂片，革兰氏结晶紫溶液染色0.5分钟，镜检。
超声后加入核酸酶消除核酸对蛋白的污染。