1、简单染色法，常用碱性染料如美蓝等进行简单染色；
2、革兰氏染色法，主要包括结晶紫初染、碘液媒染、乙醇(或丙酮)脱色以及番红复染四个过程；
3、瑞氏染色法，瑞氏染料溶剂主要是由伊红美蓝组成；
4、吉姆萨染色法，吉姆萨染色原理与结果和瑞特染色法基本相同；
5、细胞免疫荧光染色法，免疫荧光染色的主要原理是利用抗原抗体之间的特异性结合。
染色是生物显微玻片标本制作中最重要的环节之一。先把破坏细胞膜的选择透过性，再使用染色剂，将生物组织浸入染色剂内，使组织细胞的某一部分染上与其他部分不同的颜色或深度不同的颜色，产生不同的折射率，以便观察。
另外，银染法也较常用。当组织块浸入硝酸银溶液中时，有的组织结构能直接把硝酸银还原，使银粒附于其上，呈棕黑色或棕黄色。有些结构本身对硝酸银无直接还原能力，若加入还原剂，可使硝酸银还原沉淀显色。