硅藻土过滤机的原理是滤液体，在泵压力作用下，通过预涂层而进入收集腔内，颗粒及高分子被截流在预涂层，进入收集腔内的澄清液体，通过中心轴，流出容器。
过滤器的核心部分是由滤网，支撑网及外框架三部分构成的，每个滤元是一根带孔的管作为骨架，外表面缠丝，丝上涂硅藻土覆盖层。滤元固定在隔板上，隔板上下为原水室和清水室。整个过滤周期分铺膜，过滤和反冲洗三步。
滤膜厚度一般为2-3mm，硅藻土粒度为1-10um。过滤结束后常采用水压缩空气或两者都用进行反冲没门硅藻土过滤的优点是处理效果好，冲洗水量小(小于1%生产水量)，占地面积小(小于10%普通砂滤池面积)。