浮游菌测试需要使用专门的空气采样器，一般采用撞击法原理的采样器。该原理采样器又可分为狭缝式、离心式或针孔式等，并配有流量计和定时器，严格按仪器说明书的要求操作并定期校验。对所用设备的清洁和防护要求与悬浮粒子测试相同。用于A级洁净区域的采样器宣预先放在被测房间内，用消毒剂擦净外表面。采样口及采样管使用前必须经过灭菌处理。采样结束后，再用消毒剂轻轻喷射罩子的内壁和转盘。
浮游菌测试使用的培养基为一般采用胰酪大豆胨琼脂培养基（TSA）或其他经验证的培养基。必要时，可在培养基中添加中和剂等物质，尤其当监测环境中可能存在抗生素或其他抑菌剂残留风险时，应对所选培养基在抑菌剂存在情况下的性能进行确认。当监测结果有疑似真菌或考虑季节因素影响时，可增加沙氏葡萄糖琼脂培养基(SDA)。用于环境监控的培养基宜采用多层包装的形式，并进行终端灭菌。如果不能采用终端灭菌的培养基，那么在使用前应进行100%的预培养，根据培养基的不同调整预培养条件，一般情况下，TSA平皿倒置于30～35℃恒温预培养不少于24小时，SDA平皿正置于20～25℃恒温预培养不少于48小时，也可根据历史数据调整培养条件。对预培养后的培养基应进行适用性检查。上述步骤可以防止外来的污染物带到环境中，避免出现洁净环境假阳性监测结果。
浮游菌采样者应穿戴与被测洁净区域相应的工作服，全程穿戴无菌手套操作。采样仪器经消毒需先开启浮游菌采样器，使仪器中的残余消毒剂蒸发，时间不少于5分钟，检查流量并根据采样量调整设定采样时间。关闭浮游菌采样器，放入培养皿，换上无菌采样盖。将采样口置于采样点后，开始采样。A级洁净度每个采样点的采样体积不少于1000L，C级洁净度每个采样点的采样体积为500L，其余洁净度每个采样点的采集体积为100L。采样点数目可参照悬浮粒子所规定内容，采样点分布参见GB/T 16292--2010附录A，尽量均匀布点，关键控制区域可适当增加采样点。全部采样结束后，取出培养皿并盖好皿盖。TSA平皿倒置于30～35℃恒温培养箱中培养48小时，SDA平皿正置于20～25℃恒温培养箱中培养5天。取出检查，计数各培养皿的菌落数，每个检测点的结果以每立方米浮游菌的平均浓度为准。每个检测点的浮游菌平均浓度的计算公式为:
平均浓度（cfu/m3)=菌落数/采样量
浮游菌监测平板的计数结果应使用Feller校验方式对数据进行校正（根据空气采样头的孔数判断)，之后再计算平均菌落浓度。每个测试点的浮游菌平均浓度应低于所选定评定标准中的界限值。